Retour HUPO 2024

Mes remerciements les plus sincères à la French Proteomics Society pour l’attribution de cette bourse m’ayant permis de participer à HUPO 2024 dans la ville de Dresden. Ce congrès fut l’occasion d’échanger avec cette communauté scientifique effervescente, et de partager mes résultats sur la détection et l’identification de virus sans a priori par protéotypage à visée diagnostique.

 

Les pre-conferences workshops

Blood proteomics – un besoin de standardisation

C’est agréablement surpris que nous avons commencé ce congrès dans une Allemagne ensoleillée ! Mon congrés a débuté par un pre-conference workshop sur la protéomique appliquée à l’étude du sang, sujet très représenté à HUPO.

L’emphase a été faite sur les besoins de normalisation sur les procédures de prélèvement, de préparation des échantillons de plasma (EDTA vs citrate vs héparine), de stockage etc. Tous ces facteurs ont une influence majeure sur le protéome mesuré et sont donc à considérer. La rédaction de SOP semble être une approche prometteuse ! Néanmoins, les différents intervenants ont aussi souligné qu’il était dur d’imposer "nos" bonnes pratiques aux cliniciens, souvent surchargés. 

Microbiome – les organismes modèles

Le second pre-conference workshop marquant a pour moi été celui sur les organismes modèles. Ouvert par Jean Armengaud, expliquant brillamment l’importance du choix des modèles dans les études de protéomiques et métaprotéomiques.

Fabrice Bertile et Susana Cristobal y ont présenté des approches de protéomiques couplées à l’écotoxicologie, démontrant l’intérêt de ces technologies sur des études "one health". En effet, les approches moléculaires permettent une analyse plus fine de la réponse des organismes/écosystèmes aux facteurs anthropiques, en comparaison aux techniques d’écotoxicologie plus classiques.

 

Une diversité de thématiques, toutes aussi passionnantes

Parmi les thématiques abordées, je soulignerai l’intérêt porté aux "hot topics" suivants :

• La protéomique du plasma :

Plus d’une centaine de posters portait sur cette thématique avec une multitude d’études visant à identifier des biomarqueurs dans des contextes pathologiques particuliers, ou encore à comparer des méthodes de préparation d’échantillon. Nombreuses sont les options sur le marché avec des approches manuelles ou automatisées et variant de 2 à 1000€ par échantillon ! La gamme dynamique dans le sang est réellement un challenge pour la LC-MS/MS, et de nombreux acteurs (industriels et académiques) travaillent à y remédier.

• La bioinformatique :

Quel intérêt d’avoir toujours plus de données si les outils d’interprétation et d’analyse n’évoluent pas ?! La bioinformatique évolue et des moteurs de recherches toujours plus performants inondent la littérature. Des approches de post traitements innovantes et d’analyse de novo ont été présentées. Un besoin de standardisation sur les études de benchmarking et la mise à disposition des modèles a été souligné afin de faire avancer la communauté dans le bon sens plus facilement.

• La protéomique non basée sur la LC-MS/MS :

J’ai été surpris par le nombre de laboratoires réalisant des études de protéomiques "non LC-MS/MS based", représentées principalement par les sociétés SomaLogic et Olink. Ces approches présentent des résultats impressionnants avec la quantification possible d’environ 10000 protéines dans le sang (supérieur aux résultats obtenus via LC-MS/MS).

 

Un divertissement de haut vol !

Entre les spectacles d’ouverture de congrès et la soirée de Gala, on peut définitivement remercier les organisateurs pour avoir organisé ces évènements de haute volée, riches en partages et sourires !

Pour finir, je tiens à nouveau à remercier la FPS pour cette bourse et le comité organisateur de HUPO pour avoir superbement organisé ce congrès avec des échanges d’une richesse incroyable. C’est avec beaucoup d’inspiration et de motivation pour l’avenir que je suis rentré au labo !