Retour SMAP 2024 – Lille

Je tiens à exprimer mes remerciements les plus sincères à la French Proteomics Society (FPS) pour m’avoir accordé une bourse, me permettant de participer au congrès SMAP 2024 à Lille du 16 au 19 septembre. Dans le contexte de cet évènement interdisciplinaire réunissant le monde de l’analyse par spectrométrie de masse et de la protéomique, je suis très reconnaissante d’avoir eu l’opportunité de présenter mes travaux de recherche portant sur le développement de méthodes pour l’analyse de protéines à l’échelle de la cellule unique.

Suivant le weekend de la célèbre braderie de la capitale des Flandres, le congrès s'est déroulé dans le magnifique cadre du Grand Palais et a été une très belle occasion d’échanger avec des experts de la spectrométrie de masse, de rencontrer les partenaires de cette nouvelle édition et d’échanger avec des collaborateurs.

 

Young Club Workshops: Un espace de discussions thématiques et de partage d'idées

La première matinée était dédiée à différentes sessions, dont la présentation des deux clubs jeunes (Club Jeune de la Société Française de Protéomique (CJ-FPS) et Club Jeune de la Société Française de Spectrométrie de Masse (CJ-SFSM) à laquelle j’ai participé.

Dans le cadre de cette présentation, plusieurs ateliers se sont succédé, comprenant tout d’abord un jeu « brise-glace » de questions-réponses sur des thèmes de culture scientifique. L’ambiance conviviale a permis de favoriser les échanges et de quasiment tous nous connaître très rapidement. A la suite du quizz, des discussions plus approfondies sur des sujets de recherche actuels ont suivi. Dans ce contexte de tables rondes, les thématiques soulevées étaient entre autres :

• La spectrométrie de masse, et son importance dans le secteur biomédical et environnemental,
• Les sciences séparatives et la mobilité ionique
• La bioinformatique et le traitement des données
• La protéomique à l’échelle de la cellule unique
• La protéomique « Top-Down » et la caractérisation structurale

Les discussions étaient principalement tournées autour des défis et problèmes rencontrés dans nos recherches respectives, avec des suggestions d’optimisations et de développements à titre de conseils, solutions ou d’hypothèses. J’ai particulièrement apprécié ces échanges, notamment autour des sciences séparatives, où d'autres utilisateurs de chromatographie liquide ont pu partager leurs expériences.

 

Présentation du Dr. Maarten Dhaenens : L'histoire fascinante des histones

Un autre point marquant du congrès fut la présentation du Dr. Maarten Dhaenens intitulée "The Metabolic Projection Hypothesis: Probing Histones' Role in Eukaryote Information Management Using Mass Spectrometry".

Cette conférence, qui s’inscrivait dans la session dédiée aux sciences de la santé et de la biologie, décrivait l’histoire et le rôle crucial des histones dans la gestion de l’information au sein des cellules eucaryotes. Ces protéines, essentielles à la structure de la chromatine, interviennent activement dans la régulation de l’expression génique, notamment à travers leurs modifications post-traductionnelles (PTMs), reflétant directement l’état métabolique des cellules.

L’utilisation de techniques avancées en spectrométrie de masse offre de nouvelles perspectives pour l’identification et la quantification des histones et de leurs PTMs, permettant de mieux comprendre des maladies liées à la régulation de l'expression des gènes, tels que des cancers. Cependant, l’analyse des PTMs présentent des défis considérables dues à leur labilité, leur dynamisme et leur diversité. De plus, la cooccurrence de plusieurs PTMs sur un même peptide ajoute un niveau de difficulté supplémentaire à la complexité de leur interprétation.

Dans ce contexte, l'outil msqrob2PTM a été présenté comme une solution innovante pour surmonter certaines des limitations des méthodes de traitement traditionnelles. En effet, contrairement à d'autres outils, msqrob2PTM améliore la normalisation et permet de distinguer les effets spécifiques des PTMs des changements globaux des protéines, augmentant ainsi la fiabilité des résultats lors de l'analyse des modifications multiples sur les peptidoformes.

L’une des applications, soulignée lors de cette conférence, qui illustre l’importance de ces avancées est l’étude de la méthylation de la lysine 27 de l’histone H3 (H3K27me3), une modification post-traductionnelle régulée par le complexe protéique PRC2. En enrichissant les promoteurs de certains gènes avec H3K27me3, PRC2 empêche leur activation, freinant ainsi l'induction de certaines lignées cellulaires, telles que la lignée trophoblastique. Ces découvertes soulignent le potentiel de cibler les marques épigénétiques dans des contextes thérapeutiques, notamment pour des maladies liées à des anomalies de la différenciation cellulaire.

 

En conclusion, ma participation au congrès SMAP 2024 a été une expérience extrêmement enrichissante, tant sur le plan scientifique que personnel, et c’est pourquoi, je tiens à remercier à nouveau la FPS pour leur soutien. Les discussions, échanges et présentations auxquelles j’ai eu l’opportunité d’assister ont non seulement élargi mes connaissances, mais ont aussi offert des perspectives concrètes pour l’amélioration de mes propres recherches.