Retour HUPO 2024

Tout d'abord, je tiens à remercier la FPS pour la bourse qui m’a permis de participer pour la première fois au congrès HUPO, organisé cette année au centre de congrès de Dresde, avec une vue imprenable sur le Palaisgarten et le Japanisches Palais.

Le congrès n'aurait pas pu débuter de manière plus marquante qu'avec la plénière de Matthias Mann, qui a souligné comment la vision traditionnelle de la biologie centrée sur les gènes est désormais dépassée. Il a mis en avant l'importance croissante de la protéomique dans la compréhension des mécanismes physiopathologiques, grâce particulièrement aux avancées de la single-cell proteomics ainsi que de la deep visual proteomics, à l'intégration de l'IA dans les workflows protéomiques et aux progrès continus des méthodes instrumentales. Un exemple emblématique est le travail dans lequel il a démontré comment la protéomique spatiale a identifié les inhibiteurs de JAK comme traitement pour la nécrolyse épidermique toxique (NET), une maladie cutanée létale.

Concernant l'analyse single-cell, la présentation de Claudia Ctortecka sur le profilage des modifications post-traductionnelles (PTMs) des histones au niveau cellulaire a été particulièrement impressionnante. Ce travail, réalisé en collaboration avec le laboratoire de Simone Sidoli, est une belle preuve de concept que la protéomique single-cell peut être appliquée à l'analyse non ciblée des PTMs.

Dans le domaine de la deep visual proteomics, le talk de Fabian Coscia a été particulièrement intéressant. Il a illustré plusieurs applications de cette approche innovante dans la recherche translationnelle sur le cancer, démontrant comment elle peut offrir des éclairages sur la progression de la maladie et contribuer à l'identification de cibles thérapeutiques spécifiques.

De nombreuses présentations ont abordé l'utilisation de l'intelligence artificielle (IA) dans la spectrométrie de masse, notamment pour la peptide property prediction, l'analyse protéomique multicentrique, l'intégration des multi-omics et la drug discovery. À cet égard, la présentation de Lindsay Pino s'est distinguée, mettant en avant une approche novatrice combinant multiplexage sans marquage et IA, permettant le criblage simultané des thérapies ciblant les facteurs de transcription. Elle a été honorée du prestigieux prix HUPO Rising Star 2024, en reconnaissance de ses contributions remarquables et innovantes dans le domaine de la protéomique.

L'un des moments les plus marquants du congrès a été le lancement de la version 24.0 du Human Protein Atlas (HPA). Cette nouvelle version introduit le "Disease Blood Atlas", qui couvre plus de 50 maladies humaines majeures. HPA est effectivement un excellent exemple de l'importance de la complémentarité des techniques immunologiques à haut débit et des techniques basées sur la spectrométrie de masse à haute définition d'analyse : cette combinaison permet d'obtenir une vision plus complète et détaillée du protéome et de ses dynamiques, essentielle pour le progrès de la recherche biomoléculaire et la découverte de biomarqueurs.

En conclusion, ces journées passées à la HUPO m'ont permis d'acquérir des idées innovantes et des approches méthodologiques de pointe, qui nourriront sans aucun doute l'orientation et la profondeur de mon projet de recherche.